Das eisenhaltige Enzym enthält je zwei Einheiten mit paarweise angeordneten Häm-Systemen.

In jeder Einheit ist jeweils ein Häm-System (C-Häm, Elektronenakzeptor) kovalent gebunden und dient der Elektronenübertragung.

Die axialen Koordinationsstellen am Eisen-Atom werden durch ein Histidin und ein Methionin besetzt.

Das zweite, nichtkovalent gebundene System (d₁-Häm) ist das aktive Zentrum beim Abbau des Substratmoleküls (NO₂^-). In axialer Position am Eisen-Atom sind ein Histidin und ein Hydroxid-Ion koordiniert, wobei das Hydroxid-Ion das nach der Reduktion gebildete NO verdrängt.