Die Verknüpfung proteinogener Aminosäuren zu Peptiden und Proteinen verläuft über Kondensationsreaktionen (Wasserabspaltung) zwischen Carboxyl- und Aminogruppe.

Die Kohlenstoffatome der Peptidgruppen sind sp²-hybridisiert (Bindungswinkel: 120°). Zwei Amidbindungen sind jeweils durch sp³-hybridisierte Bausteine verknüpft (Bindungswinkel: 109,5°). Damit ist keine Drehung um die Amidbindung möglich und die Peptidkette wird ab der dritten Bindung in eine helicale Struktur gezwungen.

Die sich daraus ergebende Helix stabilisiert sich durch zusätzliche Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Seitenketten. Es entsteht das typische Motiv einer Alpha-Helix.